Harry Potter tornou-se um livro muito impopular para muitos: grupos religiosos afirmaram categoricamente que os livros introduziam as crianças ao estudo da bruxaria e eram claramente satanistas. Em muitos lugares os livros foram proibidos como na escola St Mary's Island Church of England, e em outros até queimados.

Caixas recém-abertas do sétimo livro de Harry Potter.Quando era Presidente da Congregação para a Doutrina da Fé, o agora Papa Bento XVI condenou os livros.

Recentemente, uma mulher chamada Laura Mallory, mãe de quatro filhos, pediu a remoção dos livros nas escolas de Nevada, mas seu pedido foi negado nas suas duas tentativas.

Além dessas reclamações, J.K.Rowling sofre com acusações de plágio. A mais famosa é a do Caso N.K.Stouffer. No fim dos anos 90, Nancy Stouffer, autora de livros infantis, declarou que J.K. havia plagiado seus livros The Legend of Rah and the Muggles (Muggles é uma palavra usada por Rowling) e Larry Potter and His Best Friend Lilly (Lily é o nome da mãe de Harry Potter). Ela foi à justiça pelo caso, processando a autora, a editora americana Scholastic e a Time Warner, mas perdeu e foi obrigada a pagar multa de US$50.000 por agir de má-fé, já que mentira sobre certos pontos e fraudara documentos e evidências. Em janeiro de 2004 Stouffer apelou, mas foi rejeitada novamente.

Em 2002, uma versão não autorizada e não assinada de Harry Potter, uma fanfic com o nome Harry Potter and Leopard-Walk-Up-to-Dragon, foi publicado na China. Os advogados de Rowling conseguiram uma ação contra os publicadores, quem foram forçados a pagar o prejuízo.

Os fãs de Livros da Magia, de Neil Gaiman, perceberam semelhanças entre Tim Hunter e Harry Potter. Os cabelos negros, os óculos redondos e a coruja foram o suficiente para J.K. ser acusada de plágio. No entanto, o autor das histórias disse que embora hajam semelhanças elas são muito superficiais e só mostram que ambos escrevem sob arquétipos iguais.